A Natureza do Chakra de cada personagem depende das caracteristicas do seu clã, de sua linhagem familiar ou pura sorte.
Quando o personagem é sem clã ou não descreve nada em sua historia sua antureza de chakra pode ser um dos cinco elementos descritos.
Fogo, Água, Terra, Vento e Raio.
No caso de clãs que não usam elementos de ninjutsu, é por que seus chakras tem efeitos diferentes do comum, podendo até mesmo referir-se as caracteristicas fundamentais de Ying e Yang da filosofia Oriental.
Exemplo o chakra de um Nara seria baseado em sombras.
COMBATE DE ELEMENTOS.
Em certas ocasões de combate de ninjutsu certos elementos podem se chocar.
Existem certos elementos mais fortes em relação a alguns e mais fracos em relação a outros.
Seguindo essa regra:
Fogo > Vento > Raio > Terra > Água > Fogo
Caso um ninja dispare uma técnica de fogo contra uma técnica de vento, haverá uma disputa de dano, mas o dano da técnica de fogo será DOBRADO em relação ao dano da técnica de vento (pq fogo ganha de vento), a diferança dos danos irão contra o personagem.